微生物限度薄膜过滤法方法 课题研究,微生物 otu asv feature table过滤2 基于qiime2的bar plot导出的 -爱游戏平台

苗坤旺离型膜

微基生物基于16s rrna基因、18s rrna基因和its序列,利用ngs测序技术(illumina、ion torrent pgm)来分析水源(包括河水、湖水、冰川融水、海水等)微生物(包括原核微生物、真核微生物)的多样性,解析不同环境样本中的微生物多样性差异,同时,第二代高通量测序拥有庞大的数据信息,更能进一步统计分析出不同的水源环境中影响微生物群落及多样性的主要因素。水体中微生物种类繁多,数量巨大,通过对水体微生物的种群结构和多样性进行解析并研究其动态变化,即可为充分了解水源微生物组成、优化群落结构、调节群落功能提供可靠的依据。

高通量测序流程:

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高通量测序技术优势

1.测序通量高,可检测到环境样品中的痕量微生物。2.实验操作简化,无需构建复杂的基因文库。3.pcr产物可直接进行测序,结果稳定,重复性强,实验周期短。4.测序数据便于后期生物信息学分析,实验结果更能全面的反应环境中菌落的特点。

样品采集及运送:

  新鲜样品:2l 以上水过滤后的滤膜,若环境中微生物丰富,可适当减少水的体积

dna样品:请提供浓度大于 10ng/ul,总量大于 500ng 的基因组 dna,dna 纯度较差或降解严重会影响后继的扩增实验。如果方便的话,可提供电子版dna电泳检测照片及 od260/280=1.8-2.0比值

  样品运送:送样时采用干冰保存运输;若是距离较远,建议采用干冰加冰袋,存放于冰盒中。

生信/统计分析

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案例分析

标题:用illumina测序的方法分析生长在厦门海域的赤潮异弯藻的细菌菌落动态变化情况

?

测序区域:16s rrna

高通量测序平台:illumina miseq

分析物种:细菌

主要结果

  (1)赤潮样本与对照组的稀释性曲线和样本丰度柱形图

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  (2)属水平上的赤潮和对照组对应的种群结构

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参考文献:yang, c., y. li, b. zhou, y. zhou, w. zheng, y. tian, j. d. van nostrand, l. wu, z. he, j. zhou and t. zheng (2015). “illumina sequencing-based analysis of free-living bacterial community dynamics during an akashiwo sanguine bloom in xiamen sea, china.” sci rep 5: 8476.

微生物组实验手册项目进展

关于本项目的计划、主题和征稿范围、格式、编委会等详细信息,可访问bio-protocol征稿爱游戏官网登录入口主页 https://bio-protocol.org/bio101/special_issue_info.aspx?siid=48 ,或点击下文阅读。

微生物组实验手册计划正式启动、诚邀同行共同打造本领域方法百科全书

征稿

通过bio-protocol,宏基因组及science/aaas平台发布ebook项目详情,面向国内、国际科研同行进行征稿。

为了提高本实验手册的质量以及方法的多样化,我们诚邀更多国内外优秀华人同行参与本项目。欢迎您的来稿!

投稿方式1. 宏基因组公众号投稿

题目登记:https://kdocs.cn/l/cl8rrqhil

联系人:刘永鑫,微信:meta-genomics,邮箱:metagenome@126.com

投稿方式2. bio-protocol平台投稿申请(中文填写)

在线 https://en.bio-protocol.org/presubmission.aspx?t=2 提交稿件基本信息

由本专辑编委会共同确定稿件是否适合,符合要求的申请将发起稿约。

审稿人登记:即使你目前没有成熟的方法可分享,也可通过申请审稿人参与本项目,贡献自己的一份力量,可在 https://kdocs.cn/l/cl8rrqhil 审稿人页面登记(投稿团队默认为审稿人,无须登记)。

项目进展

目前已经邀请、申请方式征集了来自中科院、北大、清华、浙大、上交等52家单位的74个团队参加,确定了153篇正在创作的方法,已经有15篇完成投稿。详见文末表格。

稿件基本结构

中文标题、作者、单位摘要、关键字材料与试剂【分析文章可选】仪器设备软件和数据库【可选】实验步骤结果与分析【可选,可写在实验步骤部分】失败经验【可选】溶液配方【可选】致谢参考文献

注:稿件全文为中文,仅需英文标题和作者拼音方便英文检索和引用。

稿件模板下载链接: ? ? ? ?http://210.75.224.110/github/microbiomeprotocol/manuscript/bio101稿件模板 示例.docx

endnote样式: ? ? ? ?http://210.75.224.110/github/microbiomeprotocol/manuscript/bio-protocol.ens

稿件处理和发表

确定创作题目后在线登记/申请,编委会/编辑部审核;按模板开始创作,完成后登记投稿并联系编辑部获得约稿链接,限定1个月内提交正式稿件;在线投稿,提供2-5本领域专家进行同行评审bio-protocol编辑部会负责包括稿件排版,组织同行评审,后期审校和在线发表的所有工作主编、编委成员和作者推荐、建议一线实验人员作为评委,参与同行评审。

参加团队

来自中科院、北大、清华、浙大、上交等52家单位的74个团队参加,统计时间截止2020年7月19日17:30。

编号单位联系人研究方向1北京大学朱怀球生物信息2北京大学口腔医院陈峰口腔3北京大学人民医院徐俊/张一帆医学4北京大学深圳研究生院余珂环境5常熟理工学院李杰三代测序6第三军医大学魏泓/商海涛无菌动物7东北林业大学牛犇林木微生物组8广东省生态环境技术研究所孙蔚旻土壤微生物9河南农业大学张晓婷农业微生物组10湖南农业大学黄鹏家禽肠道11湖南师范大学尹佳猪肠道12华北电力大学郑茂盛环境污水处理13华中农业大学谢卡斌/宋露样植物扩增子建库方法14华中师范大学谢波微生物种间相互作用15军事医学科学院杨瑞馥/毕玉晶医学16南方医科大学周宏伟医学17南京农业大学成艳芬反刍动物18南京农业大学韦中根际微生态与土传病害防控19南京医科大学刘星吟医学20南京医科大学张发明粪菌移植21清华大学胡九龙肠道菌群免疫22山东农业大学高峥农业微生物组23上海海洋大学肖劲洲海水宏病毒组24上海交通大学蹇华哗海洋微生物25上海交通大学赵立平医学26深圳谱元科技有限公司覃俊杰微生物组方法27西北农林科技大学焦硕土壤微生物生态28西北农林科技大学林雁冰根际微生物29西湖大学鞠峰环境微生物组与生物技术30新疆农业科学院微生物应用研究所史应武植物健康微生态与作物病害防控组31扬州大学张云增柑橘微生物组32浙江大学陈云小麦赤霉病33浙江大学马斌网络34浙江中医药大学附属金华中医院钱旭波医学35中国科学院北京生命科学研究院赵方庆方法、分析36中国科学院城市环境研究所杨军水体37中国科学院城市环境研究所赵峰/郑越古菌进化38中国科学院城市环境研究所朱永官环境土壤39中国科学院动物研究所葛德燕小型野生动物40中国科学院动物研究所王德华/薄亭贝哺乳动物肠道菌群与神经调控41中国科学院南京地理与湖泊研究所王建军湖底沉积物42中国科学院南京土壤研究所褚海燕土壤微生物组43中国科学院南京土壤研究所贾仲君土壤微生物功能组44中国科学院南京土壤研究所梁玉婷土壤微生物功能组45中国科学院青藏高原研究所孔维栋高原46中国科学院青岛生物能源与过程研究所徐健单细胞47中国科学院上海巴斯德研究所崔杰病毒组48中国科学院深圳先进技术研究院戴磊微生物组工程49中国科学院深圳先进技术研究院马迎飞噬菌体50中国科学院生态环境研究中心邓晔微生物生态学51中国科学院生态环境研究中心韩丽丽土壤宏病毒组52中国科学院生态环境研究中心张丽梅微生物生态,土壤氮循环53中国科学院天津工业生物技术研究所王敬敬合成群落54中国科学院天津工业生物技术研究所赵维微生物群落分析55中国科学院微生物研究所蔡磊真菌基因组、可培养组56中国科学院微生物研究所胡松年细菌基因组57中国科学院微生物研究所刘双江环境微生物学58中国科学院微生物研究所王军三代测序59中国科学院微生物研究所朱宝利病原微生物、人体肠道微生物菌群60中国科学院遗传与发育生物学研究所白洋植物微生物组61中国科学院遗传与发育生物学研究所刘永鑫宏基因组数据分析62中国科学院遗传与发育生物学研究所农业资源研究中心刘彬彬小麦微生物组、氮循环63中国科学院遗传与发育生物学研究所农业资源研究中心朱峰昆虫微生物组64中国科学院植物研究所杨文强藻类65中国林业科学研究院袁志林森林微生物组66中国农业大学戴兆来单胃动物67中国农业大学冯固土壤生态学68中国农业大学彭静静土壤微生物组69中国农业科学院北京畜牧兽医研究所赵圣国动物胃肠道微生物70中国农业科学院草原研究所强晓晶内生真菌发酵71中国农业科学院农业环境与可持续发展研究所韩东飞细菌转录组72中国农业科学院生物技术研究所田健功能微生物的筛选73中国中医科学院陈同数据分析和可视化74中山大学丁涛人体微生物组75更多单位……待定虚席以待……

已约稿创作的题目

编号姓名单位投稿题目研究对象1朱怀球北京大学基于宏基因组的炎症肠道疾病(ibd)诊断方法人类2朱怀球北京大学宏基因组高通量测序的基因预测和注释方法通用3朱怀球北京大学宏基因组高通量测序的序列拼接优化平台通用4朱怀球北京大学微生物组样本多组学大规模比较分析平台通用5朱怀球北京大学基于功能基因的微生物群落结构预测方法通用6朱怀球北京大学微生物群落非染色体dna(噬菌体、质粒)注释及分析平台通用7陈峰北京大学口腔医院口腔微生物基因组研究常见取样部位与方法:唾液、齿面菌斑、龈下菌斑人类8陈峰北京大学口腔医院口腔常见微生物培养:链球菌、乳酸菌、白色念珠菌人类9徐俊北京大学人民医院egfp-e.coli 荧光标记菌株的构建细菌10徐俊北京大学人民医院人肠黏膜细菌、真菌菌群dna的提取人类11魏泓/商海涛第三军医大学无菌小鼠肠道菌群移植动物12魏泓/商海涛第三军医大学无菌小鼠菌群样本采集动物13魏泓/商海涛第三军医大学无菌小鼠肿瘤移植动物14魏泓/商海涛第三军医大学无菌小鼠免疫重建动物15魏泓/商海涛第三军医大学无菌小鼠注射给药动物16魏泓/商海涛第三军医大学无菌小鼠采血动物17魏泓/商海涛第三军医大学无菌小鼠的粪菌、单菌、多菌移植技术方法动物18牛犇东北林业大学植物根系简化合成菌群的构建与定量植物19孙蔚旻广东省生态环境技术研究所dna-稳定同位素探针与宏基因组联用技术环境20黄鹏湖南农业大学家禽肠道食糜与黏膜微生物样品采集与保存动物21黄鹏湖南农业大学家禽肠道食糜与黏膜微生物dna与rna提取动物22尹佳湖南师范大学检验对多种病原菌的拮抗性: 抑菌圈实验细菌23尹佳湖南师范大学检验表面粘附能力: 疏水、自凝集、共凝集实验细菌24尹佳湖南师范大学耐酸性实验、耐胆碱实验及模拟胃肠实验细菌25尹佳湖南师范大学检验高温下的耐受程度:耐热实验细菌26尹佳湖南师范大学检测对多种抗生素的敏感性:药敏实验细菌27宋露洋华中农业大学利用cas-16s-seq方法减少植物微生物群体研究中大量的宿主污染植物28谢波华中师范大学微藻与细菌相互作用的蛋白质组学研究方法藻类29毕玉晶军事医学研究院培养组学方法优化通用30周宏伟南方医科大学人体生殖道微生物组样本制备人类31周宏伟南方医科大学人体胎盘组织微生物组样本制备人类32成艳芬南京农业大学反刍动物瘤胃微生物样品采集与保存动物33成艳芬南京农业大学瘤胃内容物dna与rna提取及注意事项动物34成艳芬南京农业大学瘤胃厌氧真菌的分离培养与保存动物35韦中南京农业大学根际土壤非破坏性连续采集装置植物36韦中南京农业大学根际噬菌体研究方法植物37韦中南京农业大学根际原生动物研究方法植物38韦中南京农业大学根际合成菌群构建研究方法植物39韦中南京农业大学根际微生物铁载体研究方法植物40韦中南京农业大学根际细菌群落资源利用网络研究方法植物41韦中南京农业大学根际细菌群落拮抗竞争互作研究方法植物42韦中南京农业大学根系分泌物调控根际微生物群落研究方法植物43张发明南京医科大学从粪便中获取洗涤菌群人类44张发明南京医科大学洗涤菌群移植“一小时方案”人类45张发明南京医科大学洗涤菌群的保存人类46张发明南京医科大学洗涤上清液小鼠腹腔注射毒性评价人类47张发明南京医科大学移植洗涤菌群人类48刘星吟南京医科大学基础医学院无菌果蝇的构建方法动物49刘星吟南京医科大学基础医学院pm2ra-一种新的量化微生物群落关系变化分析方法通用50刘星吟南京医科大学基础医学院果蝇肠道菌群分析方法动物51胡九龙清华大学高通量筛选促进cd8 t细胞抗肿瘤免疫的肠道菌群及代谢产物人类52胡九龙清华大学高通量筛选调节巨噬细胞极化的肠道菌群及代谢产物人类53胡九龙清华大学肿瘤细胞内菌群的分离人类54高峥山东农业大学根际微生物组样品收集方法植物55高峥山东农业大学尾菜堆肥微生物组样品取样方法植物56肖劲洲上海海洋大学海水宏病毒组样本制备病毒57蹇华哗上海交通大学海洋微生物的高压培养实验环境58蹇华哗上海交通大学流动气液混合高压培养系统操作实验环境59蹇华哗上海交通大学沉积物、岩石样品总dna提取环境60蹇华哗上海交通大学沉积物样品细胞提取及荧光显微镜计数法环境61蹇华哗上海交通大学沉积物样品rna提取环境62蹇华哗上海交通大学环境样本16s rrna gene 克隆文库构建及测序分析环境63蹇华哗上海交通大学基于基因芯片的原核微生物转录组学分析环境64焦硕西北农林科技大学微生物生物地理学研究方法环境65焦硕西北农林科技大学微生物群落演替研究方法环境66林雁冰西北农林科技大学根际微生物组对向日葵抗列当寄生的研究方法植物67鞠峰西湖大学微生物群落定量宏转录组与定量宏基因组方法环境68鞠峰西湖大学rna-稳定同位素探针技术环境69鞠峰西湖大学水与沉积物环境中胞内/胞外吸附/胞外游离dna的分离提取环境70史应武新疆农业科学院微生物应用研究所植物内生细菌多样性植物71史应武新疆农业科学院微生物应用研究所植物内生真菌多样性植物72史应武新疆农业科学院微生物应用研究所植物内生古菌多样性植物73张云增扬州大学柑橘根际和根表微生物组样品收集和制备植物74马斌浙江大学微生物生态网络构建与可视化通用75马斌浙江大学基于宏基因组的宏病毒组分析通用76马斌浙江大学基于单细胞培养的土壤微生物原位培养技术土壤77钱旭波浙江中医药大学附属金华中医院肠道菌群与幼年特发性关节炎关系研究的样本收集、贮存、多组学检测及数据分析人类78安新丽中国科学院城市环境研究所功能基因高通量定量方法环境79杨军中国科学院城市环境研究所水体浮游细菌采集环境80杨军中国科学院城市环境研究所水体浮游植物采集与鉴定环境81杨军中国科学院城市环境研究所水体浮游动物采集与鉴定环境82杨军中国科学院城市环境研究所基于dna条形码的水体浮游细菌群落建库方法环境83杨军中国科学院城市环境研究所基于dna条形码的水体微型真核群落建库方法环境84郑越中国科学院城市环境研究所微生物进化特征分析方法环境85薄亭贝中国科学院动物研究所肠道组织神经递质测定方法动物86薄亭贝中国科学院动物研究所肠黏膜形态学观察和肠道免疫组织化学技术动物87薄亭贝中国科学院动物研究所盲肠内容物样本中短链脂肪酸的定量检测(气相色谱)动物88王建军中国科学院南京地理与湖泊研究所河流底栖微生物采集和处理水体89王建军中国科学院南京地理与湖泊研究所水体沉积物微生物采集和处理水体90褚海燕中国科学院南京土壤研究所利用种分布模型绘制微生物分布图谱土壤91褚海燕中国科学院南京土壤研究所考萍:土壤代谢组学样品制备与分析土壤92褚海燕中国科学院南京土壤研究所云涛:利用种分布模型绘制微生物分布图谱土壤93褚海燕中国科学院南京土壤研究所杨腾:结构方程模型在土壤微生物生态学中的运用土壤94褚海燕中国科学院南京土壤研究所坤坤:基于高深度土壤宏基因组数据的单菌基因组挖掘土壤95褚海燕中国科学院南京土壤研究所玉颖:小麦相关微生物的野外采样与样品保存土壤96褚海燕中国科学院南京土壤研究所丽燕:土壤宏转录组学研究的样本前处理与关键代谢差异表征土壤97褚海燕中国科学院南京土壤研究所时玉:利用空间尺度分析模型解析土壤微生物分布格局土壤98崔杰中国科学院上海巴斯德研究所病毒组与生物信息学分析动物99戴磊中国科学院深圳先进技术研究院小鼠粪便样本中短链脂肪酸的定量检测小鼠100戴磊中国科学院深圳先进技术研究院小鼠粪便样本中16s拷贝数的定量检测小鼠101邓晔中国科学院生态环境研究中心土壤dna提取方法(高质量edna的获取方法grind plus mobio kit method)环境102邓晔中国科学院生态环境研究中心原核生物的总量测定:16s rrna基因的荧光定量pcr法环境103邓晔中国科学院生态环境研究中心环境细菌总量测定:流式细胞仪法环境104邓晔中国科学院生态环境研究中心细胞内融合基因技术(epicpcr)测定功能类群多样性环境105韩丽丽中国科学院生态环境研究中心土壤宏病毒组富集及dna提取土壤106张丽梅中国科学院生态环境研究中心熊超:植物微生物组来源模型构建及富集过程分析植物107赵维中国科学院天津工业生物技术研究所原核微生物群落变化的随机性和确定性过程计算方法通用108蔡磊/马紫英中国科学院微生物研究所基于二代/三代测序的真菌基因组拼接、组装及注释真菌109蔡磊/周欣中国科学院微生物研究所基于扩增子数据的系统发育树的构建和美化通用110蔡磊/周欣中国科学院微生物研究所真菌可培养组的分离培养和鉴定真菌111白洋中国科学院遗传与发育生物学研究所水稻根系微生物组样本和16s rrna基因扩增子文库制备植物112白洋中国科学院遗传与发育生物学研究所水稻高通量分离培养细菌和高通量鉴定植物113白洋中国科学院遗传与发育生物学研究所水稻无菌体系构建和单菌及菌群功能研究方法植物114刘永鑫中国科学院遗传与发育生物学研究所随机宏基因组测序数据质量控制和去宿主分析流程和常见问题通用115刘永鑫中国科学院遗传与发育生物学研究所使用qiime 2分析微生物组扩增子数据通用116刘永鑫中国科学院遗传与发育生物学研究所使用usearch/vsearch分析微生物组扩增子数据通用117刘永鑫中国科学院遗传与发育生物学研究所使用dada2分析微生物组扩增子数据通用118刘永鑫中国科学院遗传与发育生物学研究所基于微生物组特征表的下游分析和可视化软件选择通用119刘永鑫中国科学院遗传与发育生物学研究所基于metaphlan3/humann3的宏基因组有参分析流程通用120刘永鑫中国科学院遗传与发育生物学研究所基于megahit/metaspades的宏基因组组装分析流程通用121刘永鑫中国科学院遗传与发育生物学研究所基于metawrap的宏基因组分箱分析流程通用122杨文强中国科学院植物研究所莱茵衣藻遗传连锁分析方法藻类123袁志林中国林业科学研究院野外树木根系取样及根际土收集操作规程土壤124袁志林中国林业科学研究院杨树人工林土壤微生物菌体细胞4种提取方法土壤125袁志林中国林业科学研究院栎类外生菌根资源调查方法土壤126袁志林中国林业科学研究院利用pcr方法快速鉴定产acc脱氨酶细菌细菌127袁志林中国林业科学研究院巢式pcr方法检测树木组织痕量内生真菌的引物及方法真菌128袁志林中国林业科学研究院杨树-根系真菌互作体系构建方法真菌129袁志林中国林业科学研究院枫香-根系真菌互作体系构建方法真菌130袁志林中国林业科学研究院原生质体法制备根系腐生型共生菌(担子菌)单核化菌丝方法真菌131袁志林中国林业科学研究院内生镰刀菌基因组染色体水平组装和注释方法真菌132袁志林中国林业科学研究院树木共生真菌菌株纯化及快速鉴定方法真菌133袁志林中国林业科学研究院植物组织高效表面消毒简易装置植物134戴兆来中国农业大学猪肠道微生物样品的采集与核酸提取动物135戴兆来中国农业大学猪肠道微生物的体外培养与功能研究动物136戴兆来中国农业大学稳定同位素在研究单胃动物肠道微生物功能中的应用动物137彭静静中国农业大学土壤宏转录组样本制备土壤138冯固中国农业大学资源与环境学院土著菌根真菌对植物磷吸收贡献率的定量方法菌根真菌139冯固中国农业大学资源与环境学院定量根际和菌丝际解磷细菌的13c-dna-sip法细菌140冯固中国农业大学资源与环境学院研究菌根真菌与细菌相互作用的毛根培养体系细菌141韩东飞中国农业科学院细菌转录组样本制备细菌142强晓晶中国农业科学院内生真菌发酵培养液生长素的测定方法真菌143强晓晶中国农业科学院牧草内生真菌的分离、鉴定与保存方法植物144田健中国农业科学院水稻根系互作功能微生物的筛选方法植物145赵圣国中国农业科学院北京畜牧兽医研究所厌氧微生物培养实验方法动物146赵圣国中国农业科学院北京畜牧兽医研究所微生物宏基因组大片段dna提取方法动物147赵圣国中国农业科学院北京畜牧兽医研究所微生物组dna、rna和蛋白质共提取实验技术动物148赵圣国中国农业科学院北京畜牧兽医研究所微生物宏基因组文库制备与功能基因筛选动物149赵圣国中国农业科学院北京畜牧兽医研究所微生物功能基因多样性实验与分析方法动物150赵圣国中国农业科学院北京畜牧兽医研究所反刍动物瘤胃微生物组学研究策略动物151陈同中国中医科学院imagegp在微生物组可视化中的应用通用152丁涛中山大学人体胃肠胆汁液微生物样本的采集和处理人类153丁涛中山大学人体呼吸道微生物样本的采集和处理人类154待定虚席以待期待您的分享……

附本项目数据和代码

项目单位和题目登记表:https://kdocs.cn/l/cl8rrqhil

项目数据地址 https://github.com/yongxinliu/microbiomeprotocol

manuscript目录:单位、题目列表

# 格式化题目、单位表格为 markdown

csvtk -t csv2md institute.txt > institute.md

csvtk -t csv2md title.txt > title.md

# 统计单位、参加人和投稿数量

# 目前共有49家单位的72个团队报名参加

tail -n 2 institute.txt | cut -f 2 | uniq | wc -l

# 提交题目数量51个团队提交了145篇方法

tail -n 2 title.txt | cut -f 2 | uniq -c | wc -l

tail -n 2 title.txt | cut -f 2 | uniq -c | sort -n

bio-protocol简介

bio-protocol于2011年在斯坦福大学创建,致力于搭建全球权威的、高质量的生物实验方案分享平台,以助力科学发现。bio-protocol期刊是bio-protocol旗下一份同行评审的国际学术期刊,发表高质量的生命科学实验方案,旨在提高科研的可重复性。至今,平台已发表了来自全球上万名优秀科研工作者(包括多名诺贝尔奖获得者)的近4000篇实验方案,并且同 science等多家国际权威科学杂志建立长期合作关系,共同促进科研的可重复性。2019年bio-protocol期刊已被pubmed central,esci收录。

bio-101是bio-protocol 旗下一个生命科学中英文基础实验方案数据库,已收集了来自全球上千个优秀课题组的实验方法,旨在为科研人员提供一个共享、讨论及更新基础实验方案的平台。

点击阅读原文,或访问 https://bio-protocol.org/bio101/special_issue_info.aspx?siid=48 查看本项目的最新进展

宏基因组简介

宏基因组公众号成立于2017年7月,致力于本领域方法和成果的交流与传播,推动全球华人微生物组发展。编辑团队由10余名在nautre、sicence、cell子刊等有发表经验的一线青年科研人员组成,保证每天专业、高质量文章的分享。

目前已分享2000 篇原创文章,92000 同行关注,累计阅读1600万 。参与qiime 2开发,受邀在protein cell、currint opinion、chinese medical joural等杂志撰写方法综述。

诚邀同行投稿分享,共同打造本领域纯干货技术和思想交流平台。

#导入的是直接bar导出的csv【有group变量】

originaldata=read.csv("level-6.csv.csv",row.names = 1,header=f)

dim(originaldata)

data1=originaldata

ncol(data1)

data1 <- data1[,-114] #去掉最后一列分组的

ncol(data1)

data2 <- as.data.frame(t(data1))

library(tidyverse)

data3 <- rownames_to_column(data2,var='id')

nrow(data3)

taxonomy <- data3[1:113,1:2]

#检查下

table(taxonomy$id == rownames(data2))

#用来过滤的数据是

#去掉第一行

data <- data1[-1,]

data[1:3,1:3] #此时的{行=样本} 列为otu

#转化为数值

dim(data) #

str(data[1:3]) #需要转化成数值

data[,1:113]<-lapply(data[,1:113],as.numeric)

#asvs with fewer than 10 reads were removed.

data[data < 10] <- 0

#过滤方法1

library(hmisc)

#相对丰度转化

a=data #行=样本

c=a/rowsums(a)

genus=t(c)

#可选事先过滤一些低丰度或低频的类群,行=otu

#例如只保留相对丰度总和高于 0.02% 的属

genus <- genus[which(rowsums(genus) >= 0.0002), ]

genus1 <- genus

#大于0的赋值为1

genus1[genus1>0] <- 1

#上一步大于0变成1后,下一步合算1多少个,保留下来 259*20%=51.8

genus <- genus[which(rowsums(genus1) >=52 ), ]

#例如只保留在 52个及以上样本中出现的属

#合并taxonomy

genus <- as.data.frame(genus)

genus2 <- rownames_to_column(genus,var='no')

final <- left_join(genus2,taxonomy,

by=c('no'='id')) #向data1的names1有的合并(全部变量)

final <- select(final,index,everything())

final <- select(final,-no)

final[1:2,1:2]

#导出数据

write.csv(final,"l6_filter_0.0002.csv",row.names =false )

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