做实验的朋友们对这个问题应该是很感兴趣的，因为涉及到后续能不能实验验证。
一般的做法是拿基因名或者蛋白名去查文献，查网站。我知道的：uniprot、pdb、the human protein atlas都能查到蛋白质表达定位相关的信息。网址分别如下：
https://www.uniprot.org/https://www.rcsb.org/https://www.proteinatlas.org/
以uniprot为例，假设我想查询cd79b这个基因/蛋白，网站输入基因名，在结果页面的左侧菜单栏，点击subcellular location
之后，蛋白的亚细胞定位就显示出来了： 有两个参考结果：uniprot annotation和go annotation
两个参考结果的意思差不多，都说的是膜蛋白。
但是如果我把这个方法发给他，我内心会不安，因为一个一个查太耗时间了。
所以就写了这篇帖子，教他如何批量查询。 先来看看最初的marker gene表格：
然后开整
# install.packages("uniprotr")
# biocmanager::install("genomicalignments")
library(uniprotr)
library(tidyverse)
library(org.hs.eg.db)
markerdf=read.csv("test_marker_gene.csv",header = t) #seurat::findallmarkers得到的数据框
namedf=clusterprofiler::bitr(markerdf$gene,fromtype="symbol", totype=c("uniprot"), orgdb="org.hs.eg.db") #会有一对多的情况
namedf$s_c=""
namedf$go_c=""
for (i in 1:nrow(namedf)) {
go_cellular_component <- getproteinannontate(proteinacclist = namedf$uniprot[i],columns = "go_c")
subcellular_location_res=getsubcellular_location(proteinacclist = namedf$uniprot[i])
subcellular_location_res=subcellular_location_res[,1]
namedf$go_c[i] = go_cellular_component
namedf$s_c[i] = subcellular_location_res
print(i)
}
colnames(namedf)[1]="gene"
markerdf2=markerdf%>%left_join(namedf,by = "gene")
最后的表格是这样的：
代码很容易，使用起来应该没有什么难度。
这种批量的方法用到的r包，uniprotr，其实是通过api的方法访问uniprot网站获取信息。
我上一次讲的如何获取kegg通路的基因列表，也是用的这类方法，涉及到的r包是keggrest。
并不是每次给读者答疑我都会写帖子，网上很容易搜到答案的，我不想写。
ok,这一期的答疑就到这里，祝大家生活愉快！
往期答疑
答读者问(7)：关于doublet
答读者问(6)：单细胞tpm矩阵如何分析？
答读者问(5)：提取monocle2的拟时序/坐标重新画图
答读者问(4)：infercnv的几个问题
答读者问(2)：细胞cluster没有聚在一起；去不去批次效应
答读者问(1)：非模式物种找marker；如何根据marker定义细胞类型
矿泉水，保湿大王
?
? 材料：主要是网购的压缩纸膜和矿泉水
做法：将纸膜投入矿泉水中，待纸膜泡开了，敷在脸上三到五分钟即可
小提示：网上买的压缩纸膜，最好是每一粒单独包装的，价格贵了一点，但是卫生，这很重要的。
体验说明：这样最补水，效果很好，不会有任何副作用
白醋 矿泉水：收缩毛孔又补水
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1、到超市里买瓶白醋，最贵的也只有三块几一大瓶。
2、然后用矿泉水以1：3的比例对起来，晚上洗完脸后扑到脸上，收缩毛孔补水美白。对皮肤没有任何伤害作用。
矿泉水补水美白超级面膜
这是牛尔在《女人我最大》中教给观众的，超级简单实用。
原料：压缩面膜一颗、矿泉水一小碗、维生素c适量。我用的是最普通的白色颗粒，100mg的。牛尔在节目中说年纪轻的话只要500mg就够了。
做法：只要把维生素c捣碎，倒入矿泉水溶解，然后把准备好的压缩面膜泡在水里面发起来就可以了。
效果：完了往镜子里一看，真是吓一跳，白嫩嫩的，皮肤也变得水水的。而且揭下面膜的时候，不知道是不是心理作用，觉得没有敷到的眼睛周围跟旁边的比黑了很多。
特别说明的事：这个面膜做好了是要洗干净的，因为维生素c可能没有完全融化，如果残留在脸上的话，对皮肤不好，会变得黄黄的。
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?
???? 酸奶面膜
超简单，只要两种材料就可以了。这种冰凉的面膜最适合修复晒后的皮肤了，而且各种肤质都适合。
????? 材料：
1茶匙的酸奶(不要用低脂或无脂的)
1茶匙流质的蜂蜜，如果蜂蜜凝固了，要放进微波炉烤几分钟将它融化。
准备过程：
把以上两种材料混合，然后涂到脸上，静坐等待10至15分钟。
然后用湿热的毛巾擦洗干净。
如果是干性肌肤，蜂蜜的量要用多一点。
油性肌肤，可以在面膜里面滴进几滴新鲜的柠檬汁。
?
燕麦酸奶面膜
这款面膜不仅适合各种肤质，而且具有清洁和让肌肤变年轻的功能。
准备时间：三分钟。
材料：
一汤匙的燕麦，研碎
一汤匙的原味酸奶，不要挑那种水果味的。
几滴蜂蜜
准备过程：
在小碗中加入燕麦和酸奶，混匀。
滴入几滴蜂蜜。如果蜂蜜凝固了，用汤匙舀一点，然后放在热后上面让它融化。
然后又搅拌均匀。
?
涂到脸上，十分钟后用温的清水洗净。
擦干水后还要涂上滋润霜做好保温护肤工作。
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香蕉面膜
材料：
香蕉一根，完全熟透的那种，在用之前先放进电冰箱冷冻。
一大汤匙蜂蜜
一个橙或一个柠檬
准备过程：
把香蕉跟蜂蜜混合。
加入几滴橙汁或柠檬汁。
涂上脸十五分钟后，用凉水或温水洗净。
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?
牛奶面膜
两人份
材料：
1茶匙的奶粉
一大汤匙流质蜂蜜
1茶匙的橄榄油
两滴香精油
准备过程：
这个面膜很经典。做法也简单，只需将上述材料都混合调匀后涂到脸上等十五分钟用凉清水洗净。
老化肌肤适用
糖比盐要温和，不会对皮肤太刺激。如果死皮在皮肤表面堆积，不清洗干净容易造成皮肤暗沉。下面这个面膜可以帮助消除由于毛囊堵塞而引起的痤疮。
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红糖面膜
材料：
两大汤匙糖
三大汤匙清水
准备过程：
将糖加入温水中融化。
确保所有的糖颗粒都融化了，否则容易对皮肤造成磨擦。
将面膜涂上脸后，用无名指和中指轻轻按摩。
几分钟后用温水洗净。
敏感性皮肤适用
这款面膜对于修复破裂受损的或是太阳晒后的皮肤特别有效。
这款面膜对于敏感性皮肤适用，对其他肤质的也适用。
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酸奶面膜
材料：
一杯酸奶
半杯燕麦
准备过程：
将所有材料都混合均匀，涂上脸十至十五分钟后洗净。
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蛋清面膜
只要将酸奶面膜方案中的酸奶换成蛋清。就可以做成蛋清面膜了
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蔬菜面膜
原料：苦瓜1条。将苦瓜切成厚度为2mm的薄片，放水中泡5分钟后将其贴在全脸，敷15分钟后，取下用纸巾把脸擦干净，不能用水洗脸否则把刚补充的营养洗掉了。
???? 原料：西红柿1个（中型）、蜂蜜2勺榨取汁液：把西红柿切块放入榨汁机中，倒出汁液。涂面膜：西红柿去油效果好，涂面膜时将爱出油的t区涂厚一点。
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皮肤被晒伤后总是感到很干燥粗糙、发痒、发红，看到自己又黑又粗的皮肤心里真是太着急了，有什么办法能让自己尽快恢复往日的白皙呢？那么就自己动手吧，效果一定会让你非常满意呢！
1.自制西瓜面膜
原料：西瓜皮一片、蜂蜜适量。
制法：用西瓜皮汁混合蜂蜜做成面膜。
用法：直接敷面约25分钟清洗。
说明：晒后常常会感到肌肤跳动，这时肌肤很需要镇定然后才可以有进一步的治疗。西瓜皮面膜可以对面部补水降温，镇定肌肤。
2.自制晒后修护液
原料：芦荟叶、甘菊花、维他命e油、薄荷油各适量。
制法：用芦荟的胶汁和干燥的甘菊花以3：1的比例加水用小火加热，水不能煮沸，待甘菊花成散状，关火冷却，然后过滤掉汤汁中的固体物质，取一勺维他命e油和3滴薄荷油混合搅拌均匀，倒入封闭性容器内加盖冷藏，这样就自制成了防晒修护液。
用法：直接涂抹在脸上。
说明：此法对晒后修复晒后肌肤有很好功效。
3.奶酪加薰衣草面膜
原料：奶酪适量、薰衣草精油两滴。
制法：在奶酪中滴入两滴薰衣草精油，充分调匀。
用法：将面膜直接涂于面部，30分钟后洗去。
说明：此面膜可以有效治疗晒伤肌肤的粗糙。薰衣草精油本身具有安抚、稳定、消炎皮肤的作用，配合奶酪可以促进皮肤的光滑细腻。
4.马铃薯胡萝卜面膜
原料：马铃薯胡萝卜各适量
制法：将原料洗净，捣成汁即可。
用法：直接敷与皮肤上20分钟后洗去。
说明：这两种蔬菜都含有充足的维他命a维他命b，对皮肤的干燥，晒后的粗糙，、角化敏感都有很大的修复作用。
5.杏桃面膜
原料：杏或桃适量
制法：将原料洗净，然后去皮去核，捣成泥状即可。
用法：敷于面部，保持30分钟后，洗去，可常用。
说明：此面膜能解毒凉润，使皮肤红润，消除皮肤皱纹，适用于过敏性皮肤和阳光灼伤的皮肤。
6.草莓面膜
原料：草莓适量
制法：将准备好的草莓洗净，捣成糊状或对半切开。
用法：敷于面部、颈部等裸露部位。或者直接用切开的草莓在脸上反复涂抹25分钟后洗去。
说明：本面膜可营养皮肤，使皮肤色素沉着减轻。
7.蛋白柠檬面膜
原料：柠檬汁一匙、新鲜鸡蛋一个、面粉一勺。
制法：取鸡蛋分离出蛋白，加入柠檬汁，充分搅拌后，加入面粉，成糊状。
用法：均匀涂于面部，干燥后洗去，一周2～3次。
说明：本面膜可使皮肤柔嫩，清爽、美白，对面部色斑有脱色、使之消散的作用。
8.果汁面膜
原料：时鲜多汁水果(杏、桃、葡萄)适量、面粉适量。
制法：水果压榨，取汁去渣，加适当面粉混合均匀为糨糊状。
用法：均匀涂面，自然风干后用清水洗去。可常用。
说明：有滋润、营养、美白皮肤的作用。
9.白雪膜
原料：鸡蛋3个、白酒适量
制法：将鸡蛋完全侵没在白酒中，密封，28天后取出备用。
用法：临睡前以蛋清敷面。每周2-3次为宜。
说明：此面膜有润肤、美白、除皱的功效。
10.柠檬面膜
原料：柠檬汁适量、水50毫升、面粉3匙。
制法：将柠檬汁加水稀释，放入面粉，搅成糊状。
用法：取适量敷面，30分钟后洗去，每周两次。
说明：本面膜有美白皮肤的功效
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水果美容是一种很古老的美容方法，可以让皮肤自然吸收天然植物的精华。水果中含有大量的营养成分和维生素、微量元素，食用和外敷对增加皮肤弹性和滋润度光泽度都大有好处。
香蕉面膜：将香蕉去皮捣烂成糊状后敷面，15-20分钟后洗去，长期坚持可使脸部皮肤细嫩、清爽，特别适用于干性或敏感性皮肤的面部美容，效果良好。
苹果面膜：将苹果去皮切块或捣泥，然后涂于脸部，如果是干性过敏性皮肤，可加适量鲜牛奶或植物油，油性皮肤宜加些蛋清。15-20分钟后用热毛巾洗干净即可。隔天一次，一个疗程为20天，具有使皮肤细滑、滋润、白腻的作用，还可消除皮肤暗疮、雀斑、黑斑等症状。
柠檬面膜：将一个鲜柠檬榨汁后加一倍的水，再加入三大匙面粉调成面膏状随后敷在脸上，15-20分钟左右取下，或将一个鲜柠檬切片直接贴于面部15-20分钟左右取下，洗净脸部。每天一次，七天为一个疗程。此面膜具有收敛作用，可使皮肤清爽、润滑、细嫩，长期坚持能延缓皮肤衰老。
草莓营养霜：将一大匙捣烂的草莓，倒入一杯开水中浸泡，数分钟后，用纱布过滤，再加入半匙甘油。抹在脸上，20-30分钟后擦去。用于深层清洁、滋润皮肤，让皮肤显现红润的光泽，特别适合干性皮肤。
苹果营养霜：将一大匙苹果泥，一大匙奶油，一只蛋黄混合后加入半匙蜂蜜，抹在脸上，20-30分钟后擦去。适用于干性和中性皮肤，可以起到营养滋润皮肤的功效。
西红柿面膜：将西红柿切片，加一匙牛奶、一匙葵花油，混合后贴脸15-20分钟，然后用温水洗净。该面膜适用于各种皮肤，有让皮肤红润光泽的功效。
香瓜面膜：把香瓜揉碎，加入生蛋黄和1匙植物油，混合拌匀后敷脸30分钟。此面膜适用于中性皮肤，有保湿、增加皮肤光泽的功效。
橙子去皱霜：一个鸡蛋清加一个橙子的橙汁，再加入一小勺鲜蜂蜜和小半勺食用醋，搅拌均匀后用温水温热至25度，而后将水果营养液涂在脸上，有皱纹的地方可多涂一点，然后罩一个干净的纱布，30-40分钟后，用温水洗净。此霜具有去皱收紧皮肤的功效。
西瓜全面美容霜：西瓜中含有黃、绿、红三元素成分相当齐全，是完美的营养品。用西瓜汁洗面，会使黝黑的皮肤转白；吃剩的西瓜皮切成薄片，贴于面部有斑处，可以去斑；最后再用瓜皮轻轻按摩脸部肌肤还有舒缓镇静补水的功效。
特别提醒
新鲜水果虽然没有化学成分，但含有的果酸等还是会造成容易过敏的皮肤过敏。在尝试之前没有尝试过的比较刺激的水果，如柠檬等的时候最好先在自己手臂内侧做尝试。
水果表面的农药等残留物一定要清洗干净，否则美容不成倒容易毁容。
选用的水果一定要新鲜，现制作现用。
水果要捣碎成泥状，太粗粒的话，效果会差些。
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很多年青的mm以为自己现在还不是要保养的时候，不要以为20岁就不需要保养，不需要美容，年纪轻轻的我早已研究了各种美容秘方，得出最重要的结论--女人，无论什么时候都要做好保湿！缺了水分的脸会像皱了皮的苹果，无论你是20还是40,面膜是最好的保湿工具。一些品牌面膜固然好，但是天然的东西会更好，而且非常经济，一张品牌面膜的价格已经够你做半年以上的.
1号保湿大使：茄蜜面膜
操作：将茄汁、蜂蜜调匀后，均匀敷在脸上20分钟，用清水冲洗即可。
作用：蕃茄杀菌，可预防暗疮，特别适合痘痘肌肤。 现在，将我自己尝试过的一些方便而有效的美容方法告诉大家吧，每一款都具有保湿作用，同时它们还具备其他功效，选择适合你的吧！
2号保湿大使：蜂蜜调色面膜
操作：将蜂蜜、蛋白、麦片调匀搅拌，做成糊状，敷面20分钟，用清水洗净。
作用：可以减低色素沉着，令经常出现在混合性皮肤上的肤色不匀(如额及鼻的肤色较深)情况改善。
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3号保湿大使：啤酒敷面法
操作：将冰冻啤酒倒在化妆棉上，直至湿透，分别敷于额头、鼻子、面颊、下巴位置，20分钟后用清水洗干净。
作用：可收缩毛孔，预防暗疮。4号保湿大使：香蕉面膜
? 操作：将香蕉磨烂，厚厚地涂在脸上，20分钟后用温水洗净。
作用：营养面膜，对面部皮下毛细血管有一定调节作用。
温馨提醒：天然面膜适合现做现用，不宜保存。鸡蛋面膜要特别注意：蛋清是针对油性皮肤的，蛋黄是针对干性皮肤的，蛋清加蛋黄是针对中性皮肤的。
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???? 4号保湿大使：香蕉面膜
操作：将香蕉磨烂，厚厚地涂在脸上，20分钟后用温水洗净。
???? 作用：营养面膜，对面部皮下毛细血管有一定调节作用。
温馨提醒：天然面膜适合现做现用，不宜保存。
鸡蛋面膜要特别注意：蛋清是针对油性皮肤的，蛋黄是针对干性皮肤的，蛋清加蛋黄是针对中性皮肤的。
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diy大荟萃61款家庭面膜
黄瓜面膜：
[机理]黄瓜的茎、果实的汁，都含有维生素b和维生素c
[材料]黄瓜、橙子、柠檬。
[方法]切成块状。橙子剥皮切成多块，柠檬连皮对切成两份，将3种材料顺序放入榨汁机内榨汁，
[用法]倒入杯中加进蜂蜜拌匀即可敷脸，20-30分钟后洗净。
[频率]每周两次
[功效]除具有柔软湿润、增白、抗皱的作用外，还可抗脂溢、止痒。
[更多]鲜黄瓜汁加入奶粉、蜂蜜适量，风油精数滴调匀敷脸。或将黄瓜洗净切薄片直接贴于脸部，具有润肤、增白、除皱的作用。
芦荟面膜：
[机理]芦荟不仅可以保养“面子”，还可以治疗诸多皮肤问题。
[材料]芦荟
[方法]取鲜芦荟叶洗净，除掉边缘刺齿，切去基部和顶尖，用搓瓜板将其搓成细丝，再用漂白消毒的细纱布双层包住芦荟细丝，用手拧挤出汁液，收集于杯中。
[用法]晚上洗脸后，用芦荟汁涂于脸上或用软毛刷或脱脂棉蘸涂，5分钟后再洗去，每晚涂一次，便又白又滑啦。
[频率]每天一次
[功效]皮肤白皙润滑。
[更多]如果面部皱纹过多，则可以用纯芦荟汁一汤匙，加入鸡蛋清一个除去蛋黄，调匀，晚上洗脸后涂在脸上，并用手按摩，尽量使皱纹伸展，日久会见功效。
蛋清面膜：
[机理][材料]鸡蛋
[方法]将蛋清打入碗内(去蛋黄)搅拌至起白色泡沫
[用法]加入新鲜柠檬汁6-8滴，搅匀直接涂在脸上
[频率][功效]具有收敛皮肤、消炎抗皱的作用。
银耳面膜：
[机理]银耳、白芷、玉竹均能滋养肌肤，茯苓能祛面斑，并引导诸药直入肌肤。
[材料]银耳、白芷、茯苓、玉竹、面粉
[方法]银耳、白芷、茯苓、玉竹各50克，共研末过筛，每晚取粉5克
[用法]配面粉3克用水调匀涂面，次日清晨洗去。
[功效]祛斑
苹果面膜：
[机理]
[材料]苹果、牛奶、植物油、蛋青
[方法]将苹果去皮切块或捣泥。
[用法]如系干性过敏性皮肤，可加适量鲜牛奶或植物油，油性皮肤宜加些蛋清。然后涂于脸部
[频率]隔天一次，一个疗程为20天
[功效]具有使皮肤细滑、滋润、白腻的作用，还可消除皮肤暗疮、雀斑、黑斑等症状。
橄榄油面膜：
[机理]
[材料]橄榄油、蜂蜜
[方法]把橄榄油加热至37℃左右，再加入适量蜂蜜
[用法]把纱布块浸在油中取出覆盖在脸上，20分钟后取下
[频率]每天一次
[功效]有防止皮肤衰老，润肤祛斑除皱之效，适用于皮肤特别干燥者。
具体控制油光的步骤
1、清洁：选择性质温和清爽的洗面奶，不仅可以洗净皮肤油脂还能够清除化妆品残余和灰尘，洗脸的顺序，先清洁额头和鼻翼，然后是下巴和两颊，按照从下向上，由外向里的顺序，就能彻底清洁皮肤。
注意：不能用冷水来洗脸，因为夏天经常大汗淋漓，满是汗水的脸上，皮肤温度相对比较高，突然受到冷水的刺激，会引起面部皮肤毛孔收缩，使得毛孔中油污、汗液不能及时被清洗出来，这样做的后果是肌肤的毛孔扩大，敏感的肌肤甚至可能会因此急性发炎!而油性皮肤更会容易出现粉刺和痘痘。正确的方法是用温水。这样既能保证毛孔充分张开，又不会使皮肤的天然保湿油分过分丢失。
2、紧肤：可以选择含有一些酒精成分的爽肤水，它在皮肤表面迅速挥发，带走热量引起毛孔收缩，排出毛囊口的污垢、皮脂等，深层清洁毛孔，使皮肤清新爽洁。使用含微量酒精的紧肤水，不仅可以收缩毛孔，抑制油脂分泌，还可以调节皮肤酸碱平衡，帮助补充水分，使用时可将爽肤水倒在化妆棉上使用。如果皮肤比较敏感，则最好不要使用含有酒精的紧肤水。
3、滋润：要避免油分多的乳液，应使用清爽型的乳霜或乳液，可以及时补充水分。另外还可以用果酸类特效护理品。神奇的果酸能够平衡皮肤油脂的分泌，抑制粉刺形成，还可以减少皱纹。当然用了果酸产品后，再涂上一层含有防晒配方的乳液加以保护，避免皮肤晒黑晒伤。油性的皮肤虽然皮脂分泌比较多，但也容易出现缺水的现象，补充水分对任何类型的皮肤都非常重要。
4、护理：选择性质温和的去死皮膏或磨砂产品，每周1-3次，可以清除掉毛孔内的污垢;减少因油脂过多造成粉刺的产生，还可以使护肤品的滋润效果更有效，容易长粉刺的t区可以使用针对t区调理的护肤品来完成清爽效果。
5、调养：少吃脂肪、糖类、煎炸食品，避免饮酒和其他刺激性食品。多吃蔬菜和水果，可用百合、绿豆、银耳等炖一些清凉降暑饮品。
多能面膜
香油600毫克食醋500毫克生大蒜200克
鸡蛋2个红糖150克小麦粉100克
1将香油与食醋按3：2的比例调成混合液，装入缸中，在加入200克生大蒜，存放3个月后取上清液瓶装备用。
2用食醋泡2个鲜鸡蛋，1周后去蛋壳备用。
3取食醋蒜上清液500毫克加入醋蛋红糖小麦粉充分搅拌成糊状即成。
功效
本面膜有使皮肤洁白光滑，消褪雀斑蝴蝶斑，去皱纹，除粉刺，使晒黑皮肤老化脱落等多种功效。
杏蛋面膜
杏仁10克鸡蛋清1个
1将杏仁去皮捣研成细末。
2用鸡蛋清将杏仁末调均即成。
3每晚睡前敷脸，翌日清晨用白酒洗去。
功效
本方有祛除黄褐斑老年斑的功效。
三款润泽肌肤防皱面膜自制
有什么东西能防止皱纹产生，消除皱纹，留住青春么?生老病死是生物的发展规律，青春总是要逝去的。但是让青春放慢脚步，多呆些时间，即使人老了，让皱纹少些，是完全可以做到的。下列食、敷两用面膜就助你到达这一目的。
猪皮冻面膜(推荐度：★★★★★★★)
鲜猪皮500克蜂蜜200克米粉100克清水500毫升
1将鲜猪皮洗净去毛，切成小块，放入沙锅。
2加水500毫升，先大火煮沸，在小火煨成浓汁。
3加入蜂蜜、米粉搅均，在煮沸后起锅，冷却后置冰箱保存。每次吃10-15克，1日3次。同时睡前用猪皮冻涂敷起皱皮肤，翌晨用冷水洗去。
功效
本方有防止皮肤皱纹和消除皱纹的功效。
※一位已到不惑之年的女士，脸上看不到任何皱纹，问她有什么诀窍?她说她从小就喜欢吃猪皮冻，数十年如一日，每天必吃一次。可见吃猪皮冻对去皱纹是有作用的。
香奶麦面膜(推荐度：★★★★)
香蕉6支鲜奶250克燕麦片200克
葡萄干100克蜂蜜5克
1将香蕉等食物一同放入锅内以小火煮熟。
2加蜂蜜50克调均，压烂调成糊状。
3每日早晚各食用100克。每晚睡前用此糊敷脸，翌晨洗去
功效
本方有润肤除皱的功效。可营养皮肤防止皮肤细胞老化，使皮肤保持水分。皮肤水分充足，就不会出现皱纹。
※单喝酸牛奶，并用酸牛奶涂面也有除皱的作用。因里面含有的成分有助于软化皮肤的表层，除去表皮死亡细胞，皱纹也就随之消除了。
※※以上配料量可以自己随意增减，但比例准确就可以了
※※以上配方还有治疗便秘的疗效哦!～～有便秘的mm不妨试试哦。便秘好皮肤自然很好了哦!
栗子蹄面膜(推荐度：★★★★★)
栗子200克猪蹄1对黄酒10毫克
生姜5克食盐1.5克
1将鲜猪蹄洗净去毛和蹄壳，用刀划成数条刀口
2将栗子去硬壳，洗净后于猪蹄同入沙锅，加水适量，大火煮沸后加入黄酒、生姜、盐，再以小火墩至猪蹄一拨即烂的程度。
3佐餐食用，每周吃2-3次。另取栗蹄中浓稠汤汁瓶装，放入冰箱保存，每晚睡前可以敷涂脸部皱纹，翌晨用冷水洗去。
功效：本方又润泽皮肤，补肾壮腰，消除皱纹的功效。内服还可以治疗肾虚腰痛。
美白面膜自己做
diy美白面膜
材料：
白芷6克;蛋黄1个;蜂蜜1大匙;小黄瓜汁1小匙;橄榄油3小匙。
做法：
1、先将白芷粉末，装在碗中，加入蛋黄搅均匀。
2、再加入蜂蜜和小黄瓜汁，调匀后涂抹于脸上，约二十分钟后，再用清水冲洗干净。
3、脸洗净后，用化妆棉沾取橄榄油，敷于脸上，约5分钟。
4、然后再以热毛巾覆盖在脸上，此时化妆棉不需拿掉。
5、等毛巾冷却后，再把毛巾和化妆棉取下，洗净脸部即可。
自制三款美白嫩肤小面膜
面膜，成了对皮肤有着狂热在意度的女人们对抗皮肤问题的有力武器。也许她们不喜欢彩妆中含有的化学物品，不喜欢面霜中的高科技成份，但却离不开diy面膜的喜悦与纯天然的享受。
养颜面膜是指具有营养脸部肌肤，美白嫩肤功效的面膜。当你把湿润的面膜涂在脸上并停留一段时间后，调料中的养分和功效物质就开始在脸上渗透到皮肤，且将肌肤与外界空气隔开，让水分缓缓渗入表皮的角质层，深层细胞胶质也能吸足够的水分。
花粉面膜(推荐度：★★★★★)
花粉/5克;鸡蛋黄/1个;柠檬汁或鲜奶/适量
1将花粉加入淡黄中，调均。
2若属油性皮肤，在加几滴柠檬汁;干性或中性皮肤加几滴鲜奶。调好后敷在脸部和颈部20-30分钟(不要超过半小时)后用清水洗净。
也可以将花粉和少许食盐溶于温水中，每日清晨和晚上用此花粉水洗脸，边洗边按摩，有脸部中间向两边轻揉，并轻轻拍打脸部，是花粉水被脸部皮肤吸收。
功效：花粉含氨基酸蛋白质多种维生素和微量元素及生物活性物质，对皮肤有营养和美容功效。
银耳面膜(推荐度：★★★)
银耳/10克鲜奶/35克食蜡/5毫克稀甘油/50毫克
1取银耳干品，研成细末
2将银耳细末放入碗中，加入鲜奶食蜡稀甘油搅均
3每晚睡前用搅均后的银耳面膜敷涂面部，半小时后用清水洗去
功效：银耳有养阴润肺的功效，配对面部皮肤干燥十分有效。连用2个月，可养颜润燥，使皮肤细腻柔和。
※银耳不要买太白的，要有点黄自然的颜色才好
糖奶面膜(推荐度：★★★★)
红糖20克牛奶30毫克
1将红糖加热融化
2加入牛奶充分搅均即成
3涂于脸上，20-30分钟后在用清水洗脸，每天1-2次，连续用30-50天
功效以糖奶涂脸，可以使黑色皮肤逐渐变白。与牛奶一起使用，更能强化它的美白功效。钾、镁可促使老皮脱落，锌、硒可促进新的皮肤生长
绿茶美人巧手diy美白面膜
绿茶能让女人更美丽，这是毋庸置疑的!因为它不但含有丰富的维生素c，其中的类黄酮更能增强维生素c的抗氧化功效，这种类黄酮也是珍贵营养品…蜂胶的主要成份，所以它对维持皮肤美白、年轻可说是有珍品级的效果。
绿茶粉的应用方法很广泛，你可以当饮料天天喝，也可以作成面膜，甚至还能沾绿茶，再加一般牙膏混合后用来刷牙，不但对牙齿有很好的保健效果，更使口气持久清新。
使用富含维生素c的绿茶粉自制面膜，对肌肤有很好的美白效果。与同样富含维生素c的柠檬相比，绿茶不含酸性，不会刺激皮肤。
另外，绿茶粉所含的单宁酸可收缩肌肤，有助於养颜润肤。除美白肌肤以外，还具有杀菌作用，对粉刺化脓也有特效。
敷面前，必须先彻底清洗脸上的污垢，刚洗完澡作面膜效果更好。敷面后触摸肌肤，会立即感到皮肤很光滑。
材料：绿茶粉1小匙、蛋黄1个、面粉1.5大匙
只要将前述材料中的蛋黄，用蜂蜜或芦荟(两大匙)代替，其他的材料及做法都相同，就会有紧肤之效喔!
制作方法以及使用方法：
1、在面粉中加入蛋黄搅拌后，再加入绿茶粉混合。
2、将做成的绿茶面膜敷盖整个脸部，再铺上一层微湿的面纸，停留在脸上约5-10分钟后，用冷水或温水洗净。
敷了面膜后的肌肤会很敏感，请勿立即上妆。即使要化妆也请薄薄地涂上一点化妆水或乳液即可。
正确使用面膜10个要点
1.使用面膜前，最好先做过敏试验，将少许面膜敷料抹在手背上，30分钟后洗去，若涂抹处无红痒反应，即可抹在脸上。
2.涂面膜前，应先卸妆、洗脸，必要时也可先去角质，以利面膜的吸收，也避免污垢、灰尘进入毛孔。
3.洗完脸，敷上面膜前，可先以热毛巾湿敷在脸部三分钟，然后在面部各处按摩三到五分钟，提升敷脸的效果。
4.全脸涂敷面膜时，宜先在眉毛、发际、眼、唇等边缘处抹上一些油脂，以免面膜黏附在这些部位，不好清理。
5.涂面膜的顺序，应从颈部、下颌、两颊、鼻、唇、额头，由下往上;眼睛周围、眉毛、上下唇部位则不宜涂面膜。
6.面膜涂敷约20分钟后，可用手指轻触，若不觉黏手，即可从薄膜边缘开始，自下而上缓慢揭去。
7.除去面膜后，应用干净温水将脸上残留物洗净，再以冷毛巾敷面片刻，以促使毛孔收缩，最后涂上润肤化妆品。
8..一般而言，面膜干燥后会促使皮肤紧缩，出现皱纹，所以面膜干燥时要立刻去掉，切勿长时间停留在皮肤上或过夜。
9.原则上，面膜每月使用二到三次即可，脸部有青春痘、黄褐斑、老年斑的人，则可每周涂一、二次，以增强效果;而蛋白质类面膜，使用则不宜太频繁，以一周两次左右为限。
10.自制天然面膜易丧失水分后变硬，也易受污染、孳生细菌，因此一次不宜制作太多，最好现作现用。
diy面膜使用有讲究
1、选料慎重：请根据自己的肤质，选择适合的面膜配料。建议全面敷用前，先取适量在耳根或手背处做局部测试，无异样即可放心使用。
2、最佳敷用时段：晚上临睡前一小时左右敷面膜效果最好。因为之后肌肤很快会进入一个睡眠状态，这段时间是肌肤吸收养分、自我修复的最佳时机。
3、面膜敷用程序：卸妆——温水洁肤——爽肤——敷面膜——润肤使用面膜前，一定要彻底清洁皮肤。而且最好使用温水，这样才能令深层的皮脂和污垢排出，面膜中的营养才能被更好地吸收。
4、最佳敷用时间：并不是越长越好，一般为15分钟左右，最长不过35分钟。而且千万别边敷边睡觉哦，因为面膜干化后，会倒过来吸收皮肤里的水分。
5、绝佳配方伴侣：天然维生素e油时间掌握不好，本来用来补水的面膜反倒可能使皮肤干燥，在配方中加入适量的天然维生素e油，不仅能美白祛斑，更能保持肌肤滋润柔嫩，是diy面膜的点睛之笔。
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1.把醋和盐用水溶解，比例是大概水：白醋：盐=9：3：1，用调好的混合液把毛巾润湿，擦在脸上，早晚各一次，（如果要多擦个一两次也没问题啦），效果不错哦，而且见效很快，皮肤会变白，痘痘也会不见了． 2.用草莓炸成汁，放上蛋清。每2~3天擦一次 3.用水和蜂蜜调配后加入珍珠粉,这样用几次以后,脸是又白又嫩! 4.最简单最便宜最方便但是十分十分十分有效的美白方法（亲身体验)将香蕉弄成糊状（一定是香蕉，不能用芭蕉代替），然后倒入全脂牛奶，再加入少量水。这些东西的比例大概是2：5：1然后往脸上抹，然后轻轻拍打脸部，最后什么都不要做。20分钟后洗掉...你发现了什么？？？？！！！是不是白了一圈？ 美白小秘方 美丽大收集 1、牛奶美白：准备一小杯鲜奶，（夏天的时候,也可以把鲜奶到放到冰箱里,敷上凉凉的,会更舒服）。用蒸气蒸脸,将化妆棉吸满鲜奶，敷在脸上十五分钟左右，取下，用清水将脸上的牛奶洗净。长期坚持，可以使肤色白净均匀。 2、准备三指宽二指长的面带斑点的芦荟叶去刺洗干净，然后是一块三厘米长的黄瓜、?鸡蛋清、2—3克珍珠粉、适量的面粉（用做调稀稠）。将芦荟、黄瓜放入榨汁机榨汁后倒入小碗，然后放入蛋清、珍珠粉、适量面粉调成糊，以不往下流淌为准。把脸洗干净，将调好的糊抹在脸上，干后洗净，拍上柔肤水、护肤品即可，每周1—2次。 3、蕃茄蜂蜜美白 这个美白配方可同时作脸及手部美白。特别是暗疮皮肤，能有效去油腻，防止感染，使皮肤白皙细致。 配方：蕃茄半个、蜂蜜适量。 用法：可将蕃茄搅拌成蕃茄汁后加入适量蜂蜜搅至糊状。均匀涂于脸或手部，待约15分钟洗去。建议每星期做1－2次 4、将青椒、大黄瓜、四分之一苦瓜、西洋芹、青苹果等打成美容蔬菜汁来喝，这样的蔬菜汁里头有足够的维他命 c，对于美白非常有效。 5、取新鲜鸡蛋一枚，洗净揩干，加入500毫升优质醋中浸泡一个月。当蛋壳溶解于醋液中之后，取一小汤匙溶液掺入一杯开水，搅拌后服用，每天一杯。长期服用醋蛋液，能使皮肤光滑细腻，扫除面部所有黑斑。 6. 蜂蜜蛋白膜；新鲜鸡蛋一枚，蜂蜜一小汤匙，将两者搅和均匀，临睡前用干净软刷子将此膜涂刷在面部，其间可进行按摩，刺激皮肤细胞，促进血液循环。待一段时间风干后，用清水洗净，每周两次为宜。这种面膜还可以用水释稀后搓手，冬季可防治皲裂。 7、中医美白：材料：白芷、甘草、核仁、当归、绿豆粉、檀香等分研末。 用法： （1）洗脸：加适量的水，即可。 （2）敷脸：加蜂蜜，牛奶及1／4颗的蛋白，适量调敷于全脸(当然眼及嘴不可敷)，待干后再清水洗净即可。一星期1～2次(不要太多次，皮肤会受不了)，可用于青春痘、黑班、雀斑，同样也可缩小鼻旁的毛细孔，用过的人都觉的不错，皮肤变白嫩，又便宜。 8、材料:白芷6克；蛋黄1个；蜂蜜1大匙；小黄瓜汁1小匙；橄榄油3小匙。 做法:（1）先将白芷粉末，装在碗中，加入蛋黄搅均匀。（2）再加入蜂蜜和小黄瓜汁，调匀后涂抹于脸上，约二十分钟后，再用清水冲洗干净。（3）脸洗净后，用化妆棉沾取橄榄油，敷于脸上，约5分钟。（4）然后再以热毛巾覆盖在脸上，此时化妆棉不需拿掉。（5）等毛巾冷却后，再把毛巾和化妆棉取下，洗净脸部即可。 9、 蛋清面膜：将蛋清打入碗内（去蛋黄）搅拌至起白色泡沫后，加入新鲜柠檬6－8滴，搅匀直接涂在脸上，具有收敛皮肤、消炎抗皱的作用。 10、牛奶面膜：用鲜牛奶一汤匙，加4－5滴橄榄油，面粉适量，调匀后敷面。此面膜，具有收敛作用，长期使用可消除面部皮肤上的皱纹，增加皮肤活力和弹性，使皮肤清爽润滑，适用于中老年妇女或面部皱纹较多的孕产妇。 11、香蕉面膜：将香蕉去皮捣烂成糊状后敷面，15－20分钟后洗去，长期坚持可使脸部皮肤细嫩、清爽，特别适用于干性或敏感性皮肤的面部美容，效果良好。此方法可使皮肤清爽滑润，并可去除脸部痤疮及雀斑。这种方法适合任何一种皮肤，一周一次，可软化角质净白皮肤 12、银耳面膜：银耳、白芷、茯苓、玉竹各50克，共研末过筛，每晚取粉5克，配面粉3克用水调匀涂面，次日清晨洗去。银耳、白芷、玉竹均能滋养肌肤，茯苓能祛面斑，并引导诸药直入肌肤，但面部患有皮炎的人要慎用。 13、苹果面膜：将苹果去皮切块或捣泥，然后涂于脸部，如系干性过敏性皮肤，可加适量鲜牛奶或植物油，油性皮肤宜加些蛋清。15－20分钟后用热毛巾洗干净即可。隔天一次，一个疗程为20天，具有使皮肤细滑、滋润、白腻的作用，还可消除皮肤暗疮、雀斑、黑斑等症状。 14、橄榄油面膜：把橄榄油加热至37℃左右，再加入适量蜂蜜，然后把纱布块浸在油中取出覆盖在脸上，20分钟后取下，有防止皮肤衰老，润肤祛斑除皱之效，适用于皮肤特别干燥者。 15、柠檬面膜：将一个鲜柠檬榨汁后加一倍的水，再加入三大匙面粉调成面膏状随后敷在脸上，15－20分钟左右取下，或将一个鲜柠檬切片直接贴于面部15－20分钟左右取下，洗净脸部。每天一次，七天为一个疗程。此面膜具有收敛作用，可使皮肤清爽、润滑、细嫩，长期坚持能延缓皮肤衰老。 16、黄瓜面膜：取鲜黄瓜汁加入奶粉、蜂蜜适量，风油精数滴调匀后涂面，20－30分钟后洗净，或将黄瓜洗净切薄片直接贴于脸部，具有润肤、增白、除皱的作用。 17、白芷面膜：取白芷10克，白附子10克，共研细末，加水和蜂蜜适量调奖敷面，20分钟后洗净，有祛皱、消斑、增白作用，适用于面部色素沉着或黄褐增斑患者。 18、蜂蜜番茄面膜：先将番茄压烂取汁，加入适量蜂蜜和少许面粉调成膏状，涂于面部保持20－30分钟，具有使皮肤滋润、白嫩、柔软的作用，长期使用还具有祛斑除皱和治疗皮肤痤疮等功能。 19、酸牛奶、蜂蜜、柠檬汁各100毫克，加5粒维生素e调匀，敷面并保留15分钟,然后用清水洗净。此法可促进皮表上的死细胞脱落，新细胞再生，从而达到健美皮肤的目的。 20、牛奶100毫升，草莓50克，捣烂如泥，调成糊状，涂擦面部,保留20分钟后洗去。此法可防止皮肤干燥、老化，使皮肤光滑、湿润、细腻。 21、鲜牛奶50毫升，加4～5滴橄榄油及适量面粉调匀敷面，20分钟后洗净。此法长期使用，可增加皮肤的活力弹性，使皮肤变得清爽润滑，细腻洁白。 22、酸牛奶、奶油各等份，混合调匀后敷面，保留20分钟后用清水洗净。此法具有收敛作用，长期坚持可消除面部皮肤上的皱纹，适用于中老年妇女或面部皱纹较多的孕产妇 23、用牛奶，蛋青，还有柠檬汁，还有放点蜂蜜，还有珍珠粉，再加点ve搅拌均匀了以后，放面膜纸浸泡，泡几个小时以后敷在脸上，很配偶的脸啊，偶皮肤敏感，而且很干燥，蜂蜜牛奶都是滋润的，牛奶还美白，柠檬有vc，还有ve
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实验目的
熟悉蛋白质序列和结构的主要分析内容在实践中逐步理解蛋白质序列和结构的主要分析算法的基本原理
实验内容
综合使用多种在线工具，对蛋白质的一级、二级和三级结构进行分析和预测综合使用多种在线工具，对蛋白质的跨膜结构、翻译后修饰、亚细胞定位等进行分析和预测
实验题目
第一题：nanog分析
nanog是2003年5月发现的一种转录因子，是一个有助于胚胎干细胞自我更新的关键因子，被认为在胚胎干细胞的全能性维持中起关键作用。 人源nanog基因，通常写成nanog1，位于12号染色体上。针对该基因（ay230262），请完成以下分析：
预测该基因编码产物的亚细胞定位。（至少使用两种预测方法，并比较不同方法的预测结果是否一致）人nanog基因产物是否是糖蛋白？什么类型的糖蛋白？分析人nanog基因产物的亲水性和疏水性，列出最亲水和最疏水的位点。
第二题：甲虫基因编码的蛋白质分析
分析一个甲虫基因（af422804）编码的蛋白质的化学性质和结构特点（请注明分析方法名称）：
等电点是多少？分子量是多少？是否含有pfam保守结构域？如有，列出登录号。是否膜蛋白质？如果是膜蛋白质，请注明跨膜结构位点。是否具有gpi固定（anchor）的蛋白质？预测该蛋白序列的二级结构，并简述预测结果（至少使用两种预测方法，并比较不同方法的预测结果是否一致）；使用swiss-model 预测该蛋白质序列的三级结构，并简述预测结果；该蛋白在alphafold db中是否有预测结果？如有，简述预测结果。
实验过程
nanog分析
预测亚细胞定位
下载蛋白质序列
首先在ncbi上面检索ay230262这个基因，然后下载其编码的蛋白质的序列信息。
图1 ncbi上nanog基因的信息
图2 蛋白质序列数据
wolf psort
wolf psort是用于蛋白质亚细胞定位预测的psort ii程序的扩展。wolf psort将蛋白质氨基酸序列转化为数值定位特征。转换特征后，使用简单的k近邻分类器进行预测。在网站上，每个预测的证据以两种方式显示：与查询的定位特征最相似的已知定位蛋白质列表，以及关于个别定位特征的详细信息的表格。而且为了方便起见，还提供了查询到相似蛋白质的序列比对以及到uniprot和gene ontology的链接。
网站在这：https://wolfpsort.hgc.jp/
图3 用wolf psort进行预测
从下图的预测结果可以看到，nanog最有可能位于细胞核。这个结果有三个部分：
第一行是预测结果的总结。亚细胞定位被缩写为4个字符，带有下划线的就是双重定位，后面的数字大致可以认为是查询序列的最近邻
下面这个表是knn算法的邻居列表，显示了与查询蛋白质相似的蛋白质列表的一部分。对于每个邻居，如下所示：uniprot id、定位位置、定位特征与查询序列之间的距离、占查询序列的百分比（the percent identity to the query）、其uniprot的链接、来自uniprot的亚细胞定位以及其他可用的定位信息。
再下面是标准化后的特征表。这些值被标准化为相对于wolf psort训练数据的百分位数。蓝色显示的邻居值与查询值的差在10%以内，而红色显示的邻居值与查询值的差在20或更多。
horton p, park kj, obayashi t, fujita n, harada h, adams-collier cj, nakai k. wolf psort: protein localization predictor. nucleic acids res. 2007 jul;35(web server issue):w585-7. doi: 10.1093/nar/gkm259. epub 2007 may 21. pmid: 17517783; pmcid: pmc1933216.
wolf psort: protein localization predictor - pmc (nih.gov)
图4 wolf psort预测结果（neighbor list）
图5 wolf psort预测结果（localization feature table）
yloc
yloc是一种可解释的蛋白质亚细胞定位预测系统。除了预测的位置，yloc给出了为什么做出这一预测的原因，以及蛋白质序列的哪些生物学特性导致了这一预测。此外，置信度估计有助于用户将预测评价为可信。yloc 能够准确预测多靶标蛋白的位置。
网站在这：yloc (uni-tuebingen.de)
sebastian briesemeister, j???rg rahnenf???hrer, oliver kohlbacher, yloc—an interpretable web server for predicting subcellular localization, nucleic acids research, volume 38, issue suppl_2, 1 july 2010, pages w497–w502,
https://doi.org/10.1093/nar/gkq477
图6 使用yloc进行预测
从下面的结果可以看到，nanog最有可能位于细胞核，和wolf psort的结果一致。
第一个表格是显示了yloc的预测各定位的概率。亚细胞位置按其概率排序，从最可能的位置开始。最可能的位置或位置组合用红色突出显示。
最相似的蛋白质是来自swiss-prot 42.0的蛋白质，与所查询的蛋白质具有最高的局部序列同一性。其中，与这些蛋白质相关的go项被用于预测。然而，由于它是最相似的蛋白质，我们在这里再次列出它。
图7 最可能的定位和最相似的蛋白
下表列出了这个特定yloc预测最重要的特征，从对预测影响最大的属性开始。一个(双)加号表示属性(强烈)支持此本地化的决策，而一个(双)减号表示属性(强烈)支持反对此本地化的决策。将鼠标光标放在一个字段上，查看来自该定位的蛋白质与查询蛋白质具有相同特征值的比例。
常用缩写：cy = ‘细胞质’，mi = ‘线粒体’，nu = ‘细胞核’，sp = ‘分泌通路’。
图8 特征的影响
deelloc 2.0
deeploc 2.0预测真核生物蛋白质的亚细胞定位。deeploc 2.0是一个多标签预测器，这意味着能够预测任何给定蛋白质的一个或多个定位。它可以区分10个不同的定位：细胞核，细胞质，细胞外，线粒体，细胞膜，内质网，叶绿体，高尔基体，溶酶体/液泡和过氧化物酶体。此外，deeploc 2.0可以预测对亚细胞定位预测有影响的排序信号的存在。
deeploc 2.0相对于1.0整体模型性能更好，由于使用了注意力机制，使得9种信号预测更准确。
vineet thumuluri, josé juan almagro armenteros, alexander rosenberg johansen, henrik nielsen, ole winther, deeploc 2.0: multi-label subcellular localization prediction using protein language models, nucleic acids research, volume 50, issue w1, 5 july 2022, pages w228–w234
https://doi.org/10.1093/nar/gkac278
图9 deeploc 2.0的优点
下面开始预测，网站在这里：deeploc - 2.0 - services - dtu health tech
图10 使用deeploc 2.0进行预测
从下图结果也可以看到是位于细胞核的。
图11 deeploc 2.0预测结果
排序信号重要性显示了查询蛋白中对预测具有较高重要性且与排序信号高度相关的位置的标志状图。
图12 信号重要性
总结
综上所述，这三种发表在《nucleic acids research》上的方法，均预测nanog位于细胞核。
是否是糖蛋白？什么类型的糖蛋白？
glycoep
首先使用糖基化预测工具——glycoep进行预测。
图13 用glycoep进行预测
图14 glycoep预测结果
从结果来看是没有n连接的，然后预测o连接同样是没有结果。
netoglyc、netnglyc
接下来使用netoglyc和netnglyc进行预测。
图15 用netoglyc进行预测
图16 netoglyc预测结果
图17 netnglyc预测结果1
图18 netnglyc预测结果2
由上面的结果可以看到，这个蛋白是糖蛋白，n连接和o连接都存在。
亲水性和疏水性
使用protscale进行分析。
图19 protscale主界面
从下图可以知道20种氨基酸的亲疏水性，大于0为疏水，小于0为疏水。
图20 protscale结果
亲水氨基酸共有153个，占比0.59。
图21 亲疏水性氨基酸占比
图22 亲疏水性氨基酸位置图
由下图可以看到最疏水的氨基酸位于105位点，最亲水的则位于153位点。
图23 最亲水和最疏水的氨基酸
甲虫基因
首先在ncbi上下载其蛋白质序列。
图24 蛋白质信息
等电点？分子量？pfam保守结构域？
我们在protparam上进行计算，这个工具如其名，就是计算蛋白质的参数。
图25 protparam主界面
由计算结果可知，等电点为7.52，分子量为74351.58。
接下来使用pfam分析蛋白质的保守结构域。
图26 pfam主界面
图27 pfam结果
由上图可知：共有三个显著的保守结构域，分别是abc2_membrane (pf01061)、abc_tran (pf00005)、abc2_membrane_7 (pf19055)。
膜蛋白质？如是则注明跨膜结构位点
使用tmhmm-2.0预测膜整合蛋白的跨膜区。
网站在这：tmhmm - 2.0 - services - dtu health tech
图28 tmhmm主界面
从下面的结果可以看到，是膜蛋白质，下图的绿色框是跨膜结构位点。紫色的也是跨膜位点。
图29 tmhmm结果
具有gpi固定（anchor）的蛋白质？
使用big-pi进行预测。
网站在这：gpi prediction server (imp.ac.at)
图30 big-pi主界面
由下图可知，没有gpi固定的蛋白质。
图31 big-pi结果
eisenhaber b., bork p., yuan y., loeffler g., eisenhaber f. “automated annotation of gpi anchor sites: case study c.elegans” tibs (2000) 25 (7), 340-341
预测二级结构
使用jpred进行预测。
图32 jpred主界面
图33 jpred结果
使用psipred进行预测。
图35 psipred主界面
由下图可以看到在序列的前半段，跨膜螺旋和strand出现频率接近，后半段则主要是α螺旋。
图35 psipred结果
对比两种方法的结果，从宏观上来看，α螺旋的分布两者是接近一致的，从微观上来看，117-125位都预测为了α螺旋，这是两个方法预测的第一个比较长的螺旋，序列后半段两者预测的也很接近。综上，可以认为两种方法预测的大体一致。
预测三级结构
使用swiss-model进行预测。
图36 swiss-model主界面
图37 swiss-model结果概况
gmqe（全局模型质量估计）是一种结合目标-模板对齐方式和模板搜索方法的属性的质量估计。所得的gmqe分数表示为0到1之间的数字，反映了使用该对齐方式和模板构建的模型的预期准确性以及目标的覆盖范围。数字越高表示可靠性越高。可信度范围为 0-1，值越大表明质量越好。
按照gmqe从大到小进行排序，选择第一个模型。模型的指标有很多，这里最重要的是：qmean。qmean的得分可与相似大小的实验结构所期望的得分相媲美。0值附近的qmean 得分表明模型结构与相似大小的实验结构之间具有良好的一致性。分数为-4.0或以下表示模型的质量较低。区间-4-0，越接近0，评估待测蛋白与模板蛋白的匹配度越好。
图37 gmqe最大的模型
可以看到qmean平均值是0.63，在350-400这个区间最小，预测的最好。
图38 残基-qmean
我们对拉氏图的解读，主要看模型氨基酸在几个区的分布情况。一般来说落在允许区和最大允许区的氨基酸残基占整个蛋白质的比例高于90%的，我们可以认为该模型的构象符合立体化学的规则。
坐上角是β折叠，左边中间是α螺旋，中间偏右是左旋α折叠。
由拉氏图可以知道，预测的蛋白质符合立体化学规则。
图39 拉氏图
这个蛋白质在alphafold数据库中。网址：alphafold protein structure database (ebi.ac.uk)
图40 蛋白在alphafold数据库中
其实这个蛋白质是可以在uniprot上搜索到的，也可以在uniprot上找到其通过alphafold预测的三维结构
图41 蛋白也在uniprot数据库中
讨论
1. 结合算法原理，分析不同蛋白质二级结构预测结果的差异。
蛋白质的二级结构预测的基本依据是：每一段相邻的氨基酸残基具有形成一定二级结构的倾向，是一个模式分类问题。预测的目标是判断每一段中心的残基是否处于α螺旋、β折叠和转角（或其他状态）之一的二级结构态，即三态。
二级结构预测的方法大体分为三代：
统计学方法 从有限的数据集中提取各种残基形成特定二级结构的倾向，以此作为二级结构预测的依据。
基于单个氨基酸残基统计分析。如：chou-fasman法 通过统计分析，获得每个残基出现于特定二级结构构象的倾向性因子，进而利用这些倾向性因子预测蛋白质的二级结构。 基于氨基酸片段的统计分析。如：gor方法 gor是一种基于信息论和贝叶斯统计学的方法，将蛋白质序列当作一连串的信息值来处理。不仅考虑被预测位置本身氨基酸种类的影响，而且考虑相邻残基种类对该位置构象的影响，准确率大约为65%。 基于立体化学原则的物理化学方法 比如lim方法。因为氨基酸的理化性质对二级结构影响较大，在进行结构预测时要考虑氨基酸残基的物理化学性质。比如疏水性、极性、侧链基团的大小等。 神经网络与人工智能 结构预测还有同源分析法，也就是将待预测的片段与数据库中已知二级结构的片段进行相似性比较，利用打分矩阵计算出相似性得分。如果数据库中有相似性大于30%的序列，则预测准确率可以大大上升。 可以对同源分析之后的结果构建一个神经网络模型进行预测。
在本次实验中，我们用了jpred和psipred方法进行预测。
jpred4使用了jnet算法，是一个输入多序列比对的结果（可用psiblast和hmm）到神经网络中的预测方法。
图42 jpred算法流程图
drozdetskiy a, cole c, procter j, barton gj. jpred4: a protein secondary structure prediction server. nucleic acids res. 2015 jul 1;43(w1):w389-94. doi: 10.1093/nar/gkv332. epub 2015 apr 16. pmid: 25883141; pmcid: pmc4489285.
psipred(psi-blast based secondary structure prediction )也是一个利用神经网络的方法。
图43 psipred论文
这两种方法用的数据和方法比较相近，从实验的结果来看也比较相近。
2. 蛋白质的类型、序列长度等哪些自身因素有可能影响蛋白质结构预测的效果？
蛋白质类型：不同类型的蛋白质可能具有不同的结构特征，因此对于不同类型的蛋白质，结构预测的效果也可能不同。例如，对于膜蛋白来说，它们的结构预测效果可能会比普通的水溶性蛋白要差一些。蛋白质序列长度：蛋白质的序列长度也可能会影响结构预测的效果。通常来说，蛋白质序列越长，结构预测的效果就越差。这是因为蛋白质序列越长，就意味着它可能具有更复杂的结构，从而导致结构预测的难度更大。其他自身因素：疏水性、氢键、二硫键的形成、静电作用、范德华力以及溶剂作用。可以针对范德华力、氢键、溶剂、静电和其它力对一个折叠蛋白总体稳定性的相对作用来建立能量函数，找到能量函数的最低状态。
3. 为什么需要对蛋白质的亚细胞定位进行预测？
亚细胞定位是指某种蛋白或某个基因表达产物在细胞内的具体存在部位，如在胞核，胞浆内，细胞膜或某一特定细胞器上存在。蛋白分布在不同细胞的不同部位，对蛋白的亚细胞定位分析有助于蛋白功能研究的初步判断，同时为理解基因的作用机制提供研究方向。简而言之就是有助于了解蛋白质功能与互作。
4. 通过动手实践分析，你对哪个分析背后的基本原理有了更深入的理解？
wolf psort用了之前psort的一些特征，以及新加进去的氨基酸组成的特征，然后利用加权的knn进行分类。使用了最相关的特征，使得模型不容易过拟合，同时也使得模型更容易解释。 预测的难度更大。 3. 其他自身因素：疏水性、氢键、二硫键的形成、静电作用、范德华力以及溶剂作用。可以针对范德华力、氢键、溶剂、静电和其它力对一个折叠蛋白总体稳定性的相对作用来建立能量函数，找到能量函数的最低状态。
3. 为什么需要对蛋白质的亚细胞定位进行预测？
亚细胞定位是指某种蛋白或某个基因表达产物在细胞内的具体存在部位，如在胞核，胞浆内，细胞膜或某一特定细胞器上存在。蛋白分布在不同细胞的不同部位，对蛋白的亚细胞定位分析有助于蛋白功能研究的初步判断，同时为理解基因的作用机制提供研究方向。简而言之就是有助于了解蛋白质功能与互作。
4. 通过动手实践分析，你对哪个分析背后的基本原理有了更深入的理解？
wolf psort用了之前psort的一些特征，以及新加进去的氨基酸组成的特征，然后利用加权的knn进行分类。使用了最相关的特征，使得模型不容易过拟合，同时也使得模型更容易解释。
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